消化内科是南京一民医院最早成立的科室之一，由消化门诊、消化病区、内镜中心、C13呼气试验室四部分组成。科室现有医生7名，其中高级职称3名、中级职称2名、初级职称2名。中高级职称人员由来自东部战区总医院（原南京军区南京总医院）等军队或地方三甲医院人员组成。

内设内镜中心，目前科室常规开展多种技术，包括C13呼气试验、胃肠镜检查（普通/无痛）、染色内镜、放大内镜、单气囊小肠镜检查、消化道异物取出术、消化道息肉内镜下治疗、消化道早癌内镜下治疗（EMR/ESD）、贲门失弛缓症经口隧道内镜下肌切开术（POEM）、粘膜下肿瘤切除术（STER）、内镜下逆行胰胆管造影术（ERCP）及相关技术、食管及胃底静脉曲张内镜下套扎术及硬化治疗术、消化道出血内镜下止血、空肠营养管置入术、胃造瘘、内镜下痔疮治疗、消化道支架置入等。 消化内科能够针对多种消化内科常见病、多发病和疑难重症进行规范化诊治，包括胃炎、胃食管反流病、幽门螺杆菌感染、消化不良、消化性溃疡、消化道大出血、胆囊炎、胆石症、梗阻性黄疸、胰腺炎、肝硬化及其并发症、炎症性肠病、缺血性肠病、消化道肿瘤等。此外，门诊开展了消化道小息肉（小于1cm）冷切除术特色项目，可以为消化道中含有少量小息肉的患者提供即时的息肉冷切除术(CSP)的治疗方案，含有多枚或较大的息肉患者也可以当天住院治疗。此特色项目以患者的健康和便利为首位，既减少了患者二次肠道准备的痛苦，也避免了因小息肉住院的额外支出。